De la seva vida no ens n'ha arribat
més que les actes del seu martiri. Segons aquest document, en el context de les
persecucions anticristianes de l'emperador Valerià I, Emilià, governador de la província Tarraconense, ordenà l'arrest del bisbe Fructuós el 16 de gener del 259. Juntament amb ell, també foren fets presos
els seus diaques, Eulogi i Auguri. El dia 21 foren jutjats i
condemnats a cremar a l'estaca, pena que s'executà al mateix dia a l'amfiteatre. Sempre d'acord amb les actes del
procés, els tres màrtirs, coronats i revestits, s'aparegueren després de morts
tant a la comunitat cristiana com als seus botxins, per donar instruccions respecte el seu enterrament.
La comunitat cristiana donà sepultura als cossos, en l'espai on
s'hi bastiria la necròpolis cristiana del Francolí, però no ha quedat constància del lloc precís.
De forma contemporània als fets, una
figura anònima, possiblement un soldat, redactà unes actes del martiri de
Fructuós i dels seus companys. Aquest document, conegut com la Passio
Fructuosi, és considerat el primer document cristià històric a la península
ibèrica, i tingué prou difusió com per a ser llegit de forma pública a les
esglésies africanes: Sant Agustí en fa un panegíric en el sermó 273.